Hoạt động quản lý Thái Phụng Nê

Năm 1991 ông được bầu làm Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam,

Tháng 10/1992 ông được bổ nhiệm làm Bộ trưởng Bộ Năng lượng (đến 21-10-1995), tháng 10/1998 làm Thứ trưởng Bộ Công nghiệp khi sáp nhập Bộ Công nghiệp Nhẹ và Bộ Năng lượng.

Tháng 10/1999: ông được điều động làm Bí thư Tỉnh ủy Phú Yên.Năm 2001, sau khi nghỉ hưu ông được cử làm đặc phái viên của Thủ tướng Chính phủ chuyên theo dõi Thủy điện Sơn La, Phó Trưởng ban chỉ đạo Nhà nước Thủy điện Sơn La - Lai châu[2]. Ông là một trong những tác giả chính của 3 đề án Thủy điện Sơn La (cao, thấp, nhỏ)

Năm 2012 ông được Văn phòng Chính phủ trao tặng Huy hiệu 50 tuổi đảng.[3]